A finales de julio, el consenso para los nuevos fichajes y las decisiones respecto a los jóvenes talentos enfrentó al área técnica de Mateu Alemany, Pablo Longoria y Marcelino García Toral con el máximo accionista, Meriton Holdings, liderado por Peter Lim y por el presidente del club Anil Murthy. El máximo accionista dio poder de decisión al club para aceptar este acuerdo, cosa que no hizo en las tres temporadas anteriores. Anil Murthy y el consejero ejecutivo Kim Koh, por lo que se tomó la decisión de aumentar sus salarios hasta 2,7 millones de euros. La presidencia en verano pasó a Anil Murthy en sustitución de Layhoon Chan, y la dirección deportiva siguió con José Ramón Alesanco al frente, aunque su peso pasó a ser muy secundario. La nota negativa del inicio de campaña la puso un mensaje editorial del presidente Anil Murthy que reabría nuevas heridas sociales en el momento de mayor armonía y optimismo de cara al buen momento del equipo. La ruptura era total entre jugadores, técnico y dirección deportiva del club encabezada por César Sánchez y el presidente Anil Murthy, y los resultados llevaron a hacer imposible el objetivo de la Champions y muy difícil incluso clasificar en puestos europeos, por ello el lunes 29 de junio el club hizo oficial la destitución de Albert Celades y el nombramiento de Voro como técnico interino hasta finalizar la temporada, en su sexta etapa como salvador del equipo.
El 27 de marzo de 2017 se hizo oficial la contratación del mallorquín Mateu Alemany como nuevo Director General del club. En 2017 empezó la etapa de Mateu Alemany como Director General del club con varios frentes abiertos. El equipo tuvo algunas malas temporadas, estando relativamente cerca el descenso solo una vez, en 1982. Logró tres subcampeonatos en 1983, 1984 y 1987 y, en general siempre se situaba en la parte superior de la tabla. Debido a las obras de remodelación del Estadio de la Cerámica, el club disputó cuatro de las seis primeras jornadas fuera de casa, cosechando dos triunfos, un empate y tres derrotas en esos partidos, lo que llevó a la sustitución del entrenador, dando entrada a Javi Calleja. El club toscano atravesaba un momento difícil: el entrenador del equipo que logró el ascenso la temporada anterior, Maurizio Sarri, acabó yendóse y junto con él, jugadores importantes: Daniele Rugani, Elseid Husai y Mirko Valdifiori. La decepción fue definitiva y mayúscula cuando al cierre del mercado de fichajes en la noche del 5 al 6 de octubre no llegó ningún refuerzo al equipo, ni siquiera jugadores libres, a coste cero o en forma de cesiones.
Desde mayo de 2004 el número de socios del club ha ido aumentando significativamente, gracias a la campaña de marketing denominada Kit Sócio (Kit de socio en portugués) lanzada por el Benfica con el objetivo de alcanzar los 200.000 socios, partiendo de los 94.714 que había en ese momento. El mejor jugador del torneo y anotador del Mejor Gol fue Diego Forlán, otro uruguayo, que jugó para el Villarreal entre 2004 y 2007 antes de incorporarse al Atlético de Madrid, donde estaba empleado en el momento del torneo. Aun así parte de la afición siguió estando muy crítica con la directiva por la marcha del equipo y por la mala relación con la grada de animación. Real Madrid Castilla por 5-0. La directiva refuerza el equipo con Chechu Dorado, Jonathan Pereira, Juanma, Perbet y Aquino en el mercado invernal. Tras eliminar al Real Betis en semifinales, el club se clasificaba para la final de la Copa del Rey tras once años sin disputar ninguna final. En estas victorias influyó mucho, además de la mano de Voro con los jugadores, la recuperación de la mejor versión de Nani y la aparición ya como titular indiscutible en el centro del campo del joven canterano Carlos Soler, que además fue incorporado definitivamente al primer equipo con 20 años y una cláusula de rescisión de 30 millones de euros.
La final del campeonato alemán del sur la perdió contra el Eintracht Fráncfort y fue como segundo mejor a la ronda final del campeonato alemán. El resultado, lo menos importante, fue de 1-3 favorable a la selección española, que marcó por parte de Catanha en dos ocasiones y de Rubén de la Red, mientras que Marco Di Vaio marcó el gol valencianista tras numerosas ocasiones falladas, una de ellas un penalti lanzado por Juan Sánchez que desvió César Sánchez, que en el segundo tiempo participó con la selección española. Los que participaron en el equipo de leyendas valencianistas fueron: Palop, Cañizares, César Sánchez, Rangel, Bartual, Ricardo Arias, Paco Camarasa, Fernando Giner, Voro, Carboni, Fábio Aurélio, Miguel Brito, Carlos Marchena, David Navarro, Djukic, Curro Torres, Javier Subirats, Fernando Gómez, David Albelda, Farinós, Robert Fernández, Rufete, Kily González, Vicente Rodríguez, Jorge López, Mista, Juan Sánchez, Xisco Muñoz, Miguel Ángel Angulo, Marco Di Vaio y Claudio «Piojo» López.